Desakan untuk menyelenggarakan pendidikan yang berkelanjutan dan utuh mulai dari jenjang KB, TK, dan SD, membuat LPF berpikir untuk mendirikan jenjang SMP. Keinginan itu bukan hanya datang dari para pengelola, tapi juga para orang tua yang memandang perlunya kesinambungan proses pendidikan di LPF.
Atas dasar itulah maka berdirilah SMP pada tahun pelajaran 1991-1992. Awalnya bersama-sama dalam satu lingkungan di Jl. Taman Mayangkara 2-4, tapi kemudian berpindah ke Jl. Siak, dan terakhir dengan keinginan untuk memberikan kepada para peserta didik bekal yang lebih baik dan lengkap, SMP Al Falah kemudian menempati lokasi di Perumahan Deltasari Indah, Waru, Sidoarjo.
Kepindahan dari Surabaya ke Sidoarjo, telah membuahkan berbagai prestasi baik akademik maupun kepercayaan pemerintah yang menunjuk SMP Al Falah sebagai sekolah percontohan di Jatim untuk melaksanakan program Pendidikan Teknologi Dasar (PTD), tahun 2006 ditetapkan sebagai Sekolah Standar Nasional (SSN) dan pada tahun 2008 ditetapkan sebagai rintisan Sekolah Bertaraf Internasional (SBI).
Pada dasarnya, pendidikan SMP adalah masih satu kesatuan dengan SD dalam lingkup Pendidikan Dasar 9 tahun, karena itu pula sesungguhnya pendidikan di jenjang SMP merupakan satu kesatuan yang tidak terpisahkan dalam mencapai tujuan pendidikan.
Selain capaian dalam hal pembentukan sikap dasar yang berkait dengan penanaman aqidah-akhlaq, dan secara akademis mengarahkan kepada para peserta didik untuk memiliki kemampuan akademis (penguasaan ilmu), mampu berbahasa asing, serta berketerampilan pada kemampuan membaca, menulis dan berhitung dengan cepat dan tepat, mampu menerapkan metodologi ilmiah, mengaplikasikan ICT, menulis karya imliah, pendidikan di jenjang SMP juga diarahkan untuk memenuhi standar nasional dan bertaraf internasional.